审计咨询服务虽然能扩展注册会计师行业服务领域，提高会计公司业务收入，也可在一定程度上方便了客户，但也有可能影响到注册会计师的独立性。按照学术界的讨论，审计质量可以分解为专业胜任能力和独立性两个因素，其中，独立性是指在发现客户存在违约事实后，能够如实报告的能力。大量的审计失败案例表明，影响审计质量的并不是审计师的专业胜任能力，而是相应的审计师在执业时缺乏独立性。从这一意义上看，独立性是高质量审计的灵魂。显然，注册会计师在从事审计服务的同时，向同一客户提供管理咨询，对注册会计师的独立性存在一定的负面影响。
曾任美国注册会计师协会职业道德委员会主席的托马斯•G•希金斯认为，“注册会计师必须拥有的独立性，实际上有两种，实质上的独立性和形式上的独立性。”其中形式上的独立性是指注册会计师必须与被审查企业或个人没有任何特殊的利益关系，否则会影响注册会计师公正地执行业务。虽然通常意义上所说的“与被审查企业或个人有任何特殊的利益关系”不包括为客户同时提供审计和管理咨询服务，但笔者认为，它却与“拥有被审查企业股权或担任其高级职务，是企业的主要贷款人、资产受托人或与管理当局有亲属关系等等”有着异曲同工之嫌，尤其是当获取的管理咨询服务收入金额较大或占全部收入比重较高时。因为，注册会计师可能会害怕与被审查企业发生争执而失去巨额管理咨询收费，因而可能会屈从企业管理当局的压力而丧失其独立性；而被审查企业也可能因此而增加谈判的筹码，通过拒绝给予管理咨询业务来限制调查的程度或惩罚注册会计师在审计业务中表示诚实的行为，从而影响其独立性；或者，通过追加非审计服务的合约来诱使注册会计师降低其独立性。此外，形式上的独立一般是针对第三者而言的，即必须在第三者面前呈现出一种独立于客户的身份，在他人看来才是独立的。因此这需要通过外界来评价。
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