内部审计作为基层人民银行自我约束机制的重要组成部分，是加强内部管理、强化监督控制的重要环节，是保证基层人民银行加强业务管理、防范业务风险、全面履行央行职责的重要手段。
当前存在的主要问题其一，部分内审人员对内审新理念学习研究不够，思想认识不统一。不少内审人员工作理念仍未突破传统审计模式的制约，对新时期内部审计是“管理＋效益”的重新定位和向管理效益审计转变的理念学习不系统，对现代审计的理念还没有真正树立，不能将先进的、现代的审计理论和审计理念充分运用到实际工作中。
其二，审计的层次和角度有待进一步提高，审计目标上还没有向效益审计和管理审计转变。目前基层人民银行内审工作仍以真实性、合规性审计为主，而对行政效率、效果、资源利用经济效果方面的绩效审计很少开展，内部审计不能有效促进组织的增值和效率的提高，不能有效促进科学发展观的落实；对风险管理研究探讨不够，没有相关的制度与指引，对风险管理审计、风险评估还没有一套科学规范的评价标准。
其三，对计算机和网络信息技术的运用仍不充分。目前基层人民银行内审检查基本上还是手工操作，运用计算机辅助审计还处在摸索阶段。特别是随着大小额支付结算系统、国库系统、征信系统等以网络和通讯技术为媒体的计算机信息系统在人民银行的上线运行，现有的内审方法和手段，明显滞后人民银行业务信息化发展的要求。
其四，内审的咨询服务和参谋作用尚未得到充分体现。事后审计监督较多，事前或事中审计监督较少；对有关职能部门或管理层有效履行央行职责强调不够；在审计检查中就事论事谈问题、提建议，而对一些宏观的、全局性的问题关注不够。
其五，现有内审干部队伍的专业化水平还不能适应形势发展的需求。业务知识和现代审计方法的培训不足，复合型的内审人员较少，内审人员的知识结构和业务能力还不能完全适应内审工作转型与发展的要求。
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